私の環境ではデスクトップクリックで、ウィンドウが全面手前に来ませんでした。
DockのFinderクリックとデスクトップクリックが同じ挙動になっているのですね。
私の環境でも全面手前に来てくれた方がうれしいのになぁ。絶対便利ですよね。

ぼくは、DragThing でそのように設定していますが、たしか他にも最近その設定が追加されたアプリがあったような...。

てことは、やっぱり何らかのアプリケーションによる動作ってことですね。

何だろう？ 最近特に何も追加してないんだけどなぁ。いや、そもそも Finder の動き方に今まで気がついていなかったような気がする。(^^;)